Enfermedad de alzheimer y mutación genética en familia Arequipeña

La enfermedad de Alzheimer es considerada la causa principal de demencia en personas mayores de 65 años. Este proyecto tuvo como objetivo principal determinar la relación entre la Enfermedad de Alzheimer (EA), y una mutación genética que podría ser propia en nuestra población. Se colectaron muestras de saliva con el tubo Orangene DNA a 9 miembros de una familia, los cuales padecen de EA y enfermedades cardiovasculares. Se extrajo el DNA de estas muestras con el kit PrepIT-L2P y para determinar las variaciones o mutaciones genéticas se realizó un análisis completo del genoma con la plataforma BGISEQ-500. Luego de comparar los resultados con diversas bases de datos genéticos, se encontró una mutación de tipo Missense en el gen TRAPPC 12, el cual participa en el transporte y comunicación de partículas entre el aparato Golgi y el Retículo Endoplasmático. Su manifestación está relacionada con un tipo de encefalopatía que ataca a infantes provocando retraso en su desarrollo, pérdida de la audición y microcefalia. El análisis genético mostró que en la posición 2089 del genoma, en lugar de una Citosina se encuentra una Guanina, lo que provoca que en la proteína resultante en la posición 697 se encuentre el aminoácido Valina y no una Leucina. Adicionalmente, se desarrolló un biobanco que permitió realizar el estudio genético, se identificó el gen y su tipo de mutación, la cual fue validada con la técnica de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y electroforesis en gel de agarosa al 2%. También se realizó un análisis que emplea un conjunto de tecnologías, definido como secuenciación individual de una célula (scRNA-seq), en el cual se comparó la expresión del gen TRAPPC 12 en células de un cerebro sano y células de un cerebro con EA. Finalmente se realizó la dinámica molecular, para identificar la variación que presenta la proteína ante la mutación. El diseño del estudio es descriptivo, observacional, prospectivo y transversal. Se concluyó que la mutación hallada es expresada en poca proporción, según las bases de datos genéticas, y podría ser propia de una población en específico. También se implementó un biobanco que permite almacenar muestras e información bajo una codificación y organización que certifica la confidencialidad de los datos.Tesi

Caracterización clínico-biológica de la enfermedad alérgica en nuestra población. Análisis de fenotipos en el asma alérgica

[ES]La atopia es la tendencia personal y/o familiar a sensibilizarse y producir anticuerpos IgE frente a alérgenos comunes. Clínicamente se expresa como dermatitis atópica, rinitis alérgica y/o asma alérgica. El asma es un síndrome que incluye diferentes fenotipos que comparten manifestaciones clínicas similares, pero con probables etiologías diferentes. Es un problema mundial, existen alrededor de 300 millones de individuos afectados. Las enfermedades alérgicas depende tanto de factores genéticos como ambientales. Mediante los estudios de asociación en genoma completo (GWAS) se han determinado varios genes implicados en el asma, entre los que destacamos el gen PTGDR (14q22.1), que es el gen que codifica el receptor de la prostaglandina D2. A los individuos del estudio se les realizó una extracción de sangre periférica tanto para determinar los niveles de IgE total y los eosinófilos, como para realizar estudios genéticos. Estos estudios consistieron en amplificar una región del promotor del gen PTGDR y analizar la expresión génica mediante PCR cuantitativa. Hemos incluido 473 individuos y analizado 149 variables. Se ha realizado un análisis descriptivo, bivariante inferencial y multivariante para el que hemos empleado un análisis de correspondencias múltiples y un análisis de cluster o conglomerado. Aunque en el asma alérgica el recuento de eosinófilos, los niveles séricos de IgE total y el porcentaje de sensibilización a los ácaros se incrementan a medida que aumenta la gravedad de la enfermedad, solo la sensibilización a ácaros se asocia significativamente incluso con el asma persistente grave. En nuestra población, el asma persistente grave presenta una heterogeneidad en relación con estos marcadores biológicos, hecho que debería estudiarse con más detalle en otras poblaciones. Observamos un predominio de pacientes sensibilizados a más de un grupo de aeroalérgenos. Estos pacientes presentan niveles de IgE y recuento de eosinófilos más elevados. La sensibilización a un solo grupo de aeroalérgenos se asocia a los grados más leves de asma. Los niveles de expresión del gen PTGDR en sangre periférica se asocian de forma general con todas las características de la atopia, incluida la gravedad de la rinitis y del asma. La utilidad de la expresión de PTGDR como biomarcador en el asma alérgica parece ser más relevante en los estadios menos graves de la enfermedad. El análisis de las frecuencias alélicas y genotípicas de los polimorfismos de la región promotora del gen PTGDR permitió identificar que el polimorfismo -549 T>C se asocia con la gravedad de asma, el valor de FEV1/FVC y unos mayores niveles de expresión del gen. En el análisis multivariante de los pacientes con asma alérgica, destacan como variables más informativas las relacionadas con la clasificación de la gravedad de asma, con la edad de aparición de los síntomas y con el tratamiento. En el asma alérgica identificamos 3 clusters determinados fundamentalmente por la gravedad de la enfermedad, la edad de aparición de la sintomatología y la presencia de antecedentes familiares. Los fenotipos caracterizados podrían denominarse “asma alérgica leve con antecedentes familiares”, “asma alérgica leve sin antecedentes familiares” y “asma alérgica moderada-grave de inicio en el adulto”. Solo uno de los fenotipos presentó predominio de antecedentes familiares, lo que podría poner de manifiesto que los factores genéticos tienen una contribución compleja en la enfermedad, que se manifiesta con más relevancia en el inicio a edades más tempranas y en los grados más leves de la enfermedad

Analysis of findings genotypic and phenotypic in a cohort of colombian individuals with suspected Duchenne / Becker muscular dystrophy

Las distrofinopatías son un grupo de miopatías hereditaria, con un patrón de herencia ligado al cromosoma X. Es el desorden neuromuscular de etiología genética más frecuente, con una incidencia de 1 por cada 3.500 varones nacidos para DMD, 1 por cada 18.000 varones nacidos para DMB y una prevalencia global de 4,78 por cada 100.000 personas. Método: Se realizó análisis molecular por medio de técnica moleculares; MLPA para toda la población de individuos y secuenciación masiva paralela en individuos con MLPA negativa y MLPA positiva deleción de un solo exón. Análisis estadístico: Se compararon las variables continuas, mediante pruebas no paramétricas por la prueba de U Mann-Whitney y variables discretas por prueba de Chi2 con prueba exacta de Fisher cuando fuera requerida o prueba exacta binomial Resultados: Se evaluaron 208 individuos con sospecha clínica de distrofia muscular de Duchenne/ Becker, 83 individuos (39,90%) se detectaron variantes tipo deleción/duplicación de exones en el gen de la distrofina, mediante MLPA distribuidos en 66 individuos con deleciones en múltiples exones o duplicaciones y 17 con deleción de un solo exón. Seguido a 125 individuos (60,10%) con MLPA negativo. Finalmente se confirmó la sospecha clínica con distrofia muscular de Duchenne/Becker en 130 de individuos (62.50%), su frecuencia mutacional encontrada en el estudio fue de 56 individuos con deleciones (43,08%), 22 individuos con duplicaciones (16,92%) de uno o más exones y variantes de secuencia 52 individuos (40,00%). Conclusión: Este estudio permitió la confirmación de la sospecha clínica de distrofia muscular de Duchenne/Becker en 130 individuos, mediante la implementación de herramientas diagnostico moleculares como la MLPA y confirmación por secuenciación masiva, es importante mencionar que realizar el diagnóstico temprano de los individuos con sospecha clínica de distrofia muscular de Duchenne/Becker, es vital para implementación estrategias efectivas de manejo de la enfermedad, la Implementación del algoritmo de estudio previamente mencionado, sirve como herramienta en futuros estudios para la tomar decisiones diagnósticas.El presente estudio fue financiado en parte por una donación de los Laboratorios Vitalchem de Colombia y PTC Therapeutics y por el Instituto de Genética Humana de la Facultad de Medicina y departamento de Fisiología de la Pontificia Universidad Javeriana, Proyecto de investigación- Vicerrectoría de Investigación: 7034. Los financiadores no tuvieron ningún papel en el diseño del estudio, la recogida de datos, el análisis y la interpretación de los datos y en la redacción del manuscritoDystrophinopathies are a group of hereditary myopathies, with an inheritance pattern linked to the X chromosome. It is the most frequent neuromuscular disorder of genetic etiology, with an incidence of 1 in 3,500 males born for DMD, 1 in every 18,000 males born for BMD and a global prevalence of 4.78 per 100,000 people. Method: Molecular analysis was performed by molecular technique means; MLPA for the entire population of individuals and parallel massive sequencing in individuals with MLPA negative and MLPA positive single exon deletion. Statistical analysis: Continuous variables were compared using non-parametric tests using the Mann-Whitney U test and discrete variables using the Chi2 test with Fisher's exact test when was required or exact binomial test Results: 208 individuals with clinical suspicion of Duchenne / Becker muscular dystrophy were evaluated, 83 individuals (39.90%) variants were detected deletion / duplication of exons in the dystrophin gene, by means of MLPA distributed in 66 individuals with deletions in multiple exons or duplications and 17 with deletion of a single exon. Followed by 125 individuals (60.10%) with negative MLPA. Finally, the clinical suspicion with Duchenne / Becker muscular dystrophy was confirmed in 130 individuals (62.50%), its mutational frequency found in the study was 56 individuals with deletions (43.08%), 22 individuals with duplications (16.92 %) of one or more exons and sequence variants 52 individuals (40.00%). Conclusion: This study allowed the confirmation of the clinical suspicion of Duchenne / Becker muscular dystrophy in 130 individuals, through the implementation of diagnostic tools. Molecular techniques such as MLPA and confirmation by massive sequencing, it is important to mention that making the early diagnosis of individuals with clinical suspicion of Duchenne / Becker muscular dystrophy is vital for the implementation of effective disease management strategies, the Implementation of the study algorithm previously mentioned, it serves as a tool in future studies to make diagnostic decisions.Magíster en Ciencias BiológicasMaestrí

Nueva herramienta terapéutica en el tratamiento de la leucemia mieloide crónica

La Leucemia Mieloide Crónica (LMC) es una neoplasia mieloproliferativa crónica que afecta a las células precursoras de la sangre. Se origina por una mutación genética característica, la translocación entre los cromosomas 9 y 22, generando un oncogén BCR-ABL (cromosoma Ph). Es una enfermedad difícil de curar de forma definitiva. Actualmente sólo se logra mediante un trasplante alogénico de células madre, pero no es fácil realizarlo debido a la dificultad para encontrar un donante compatible. Por ello se usan, entre otros, los inhibidores de la tirosina cinasa (ITC) que consiguen frenar el progreso de la enfermedad. Recientemente se está investigando sobre una terapia de edición genética (CRISPR-Cas), que podría eliminar de forma definitiva el oncogén

Desarrollo de una metodología de extracción de conocimientos a partir de datos de micromatrices de DNA basada en ontologías genéticas

Tesis para obtener el grado de Magíster Scientiae en Explotación de Datos y Descubrimiento del Conocimiento, de la Universidad de Buenos Aires, en diciembre de 2008Los experimentos de micromatrices de DNA permiten obtener información sobre la expresión conjunta de cientos o miles de genes, lo que ha producido un importante incremento en el volumen de datos disponibles en el área de las ciencias biológicas. Sin embargo, esta disponibilidad de información no ha implicado un aumento proporcional en el avance del conocimiento relacionado. La minería de datos (data-mining) surge como una tecnología emergente que sirve de soporte para el descubrimiento de conocimiento, que se revela a partir de patrones observables en datos estructurados o asociaciones que usualmente eran desconocidas. El presente trabajo consiste en desarrollar una metodología de análisis de datos que permita descubrir conocimientos biológicamente relevantes, partiendo de datos de micromatrices de arroz almacenados en repositorios públicos, enriqueciendo esta información mediante la asociación con los términos de la Ontología de Genes (Gene Ontology, GO). La GO propone establecer descripciones coherentes de los genes a partir del desarrollo de vocabularios controlados y proporciona tres redes estructuradas de términos controlados para describir los atributos de los genes que pueden ser aplicados a cualquier organismo. La metodología desarrollada se basa en la aplicación de paquetes de software de código abierto para el análisis de datos, como el lenguaje R, que provee un entorno de procesamiento estadístico y gráfico. R posee una instalación base y módulos que se agregan según el tipo de análisis que se realice. Entre ellos se encuentra el módulo Bioconductor que permite el análisis de datos bioinformáticos. Este tipo de iniciativas de código abierto y libre, facilitan la comunicación entre los usuarios creando comunidades que se van fortaleciendo y enriqueciendo a través de los conocimientos compartidos. Se utilizó un paquete especial del Bioconductor para consultar y rescatar información de la Base de Datos de la GO (GO.db). Estas aplicaciones, asociadas al administrador de Base de Datos MySQL, fueron usadas en el desarrollo de una pipeline para implementar los procedimientos de extracción del conocimiento propuestos en esta tesis. Se utilizaron como modelo, los datos crudos obtenidos de estudios independientes sobre perfiles de expresión de genes de arroz inducidos ante estreses abióticos.DNA microarray technology allows scientists to study the expression of thousands of genes simultaneously; however the increase of biological data has not implied a proportional growth of related knowledge. Knowledge discovery from the amount of data collected depends on the development and appropriate use of data mining and statistical tools. This work involves the application of techniques for extracting knowledge implicit previously unknown and potentially useful from the biological information obtained from gene expression studies using microarrays. Three sets of experimental DNA microarray data from selected Oryza sativa abiotic stress experiments were analyzed using a pipeline based on MySQL database and R/Bioconductor routines. A secondary refinement process using the GO annotations was introduced to enrich the level of biological information included in the clusters. The result was a high-level biological significance categorization of microarray data based on GO resources.EEA CorrientesFil: Taie, Armando. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Corrientes; Argentin

Lesiones de Mama BIRADS 4 y 5 mastográfico y su concordancia histopatológica en pacientes de Tamiz del Hospital Materno Perinatal Mónica Pretelini, durante el periodo del 1° de junio del 2011 al 31 de mayo del 2012

INTRODUCCION. El cáncer de mama es el tipo más frecuente de cáncer en las mujeres en México. La mastografía de escrutinio es el estándar de oro en la detección temprana del cáncer de mama; como método de tamiz tiene una sensibilidad (86%) y especificidad (96%). La “NORMA Oficial Mexicana NOM-041-SSA2-2011 indica que debe realizarse cada 2 años. El Colegio Americano de Radiología (ACR) recomienda una mastografía anual a partir de los 40 años de edad. La mastografía y el ultrasonido juegan un papel vital en la detección oportuna del cáncer de mama, al detectar lesiones no palpables, y lograr la clasificación de las lesiones mamarias con respeto al riesgo de presentar cáncer de acuerdo con los hallazgos morfológicos y radiológicos, mediante el Sistema de Reporte de Datos de las Imágenes de la Mama (BIRADS) nos orienta respecto a la conducta a seguir ya sea al control anual, la vigilancia a corto plazo, o la biopsia mamaria. OBJETIVO: Determinar el nivel de concordancia de lesiones de mama categorizadas BIRADS 4 y 5 mastográfico con histopatología en pacientes de tamiz del Hospital Materno perinatal “Mónica Pretelini” durante el periodo del 1º de Junio del 2011 al 31 de mayo del 2012. MATERIAL Y METODOS El presente estudio contempla los expedientes radiológicos e histopatológicos de las pacientes que acuden a realización de mastografía de tamiz, y se les detecta por medio de a mastografía lesión clasificada como BIRADS 4 Y 5 y que posteriormente se realizó biopsia. RESULTADOS. Del total de mastografías realizadas (3115) durante el periodo de estudio, 106 se reportaron como BIRADS 4 (75 %) y 35 como BIRADS 5 (25%) por imagen. Se corroboraron por histopatología 43 casos de cáncer de mama, correspondiendo al 30% del total de las biopsias realizadas, de las cuales 18 correspondían a BIRADS 4 y 25 a BIRADS 5; con un porcentaje de concordancia del total de las biopsias de 16% para BIRADS 4 y 71 % para BIRADS 5

Características queiloscópicas según el dimorfismo sexual utilizando el método de fraile en los pobladores del Comité Santa Rosa de Lima, Samegua - Moquegua 2019

El ser humano presenta características fenotípicas que ayudan a su identificación, estás tienen la particularidad de ser únicas y remotamente improbable que se pueda repetir en dos individuos. Una de estas características son los surcos labiales. La necesidad de una técnica de identificación forense, que sea práctico de desarrollar en campo y fiable de resultados es una necesidad en el área de odontología forense, ante dicho requerimiento planteamos que la queiloscopía otorga la satisfacción ante dicha necesidad. El objetivo fue determinar las características queiloscópicas de mayor existencia de acuerdo con el dimorfismo sexual utilizando el método de Fraile en los pobladores del comité Santa Rosa de Lima – Samegua, Moquegua 2019. El estudio es de nivel descriptivo y corresponde a un diseño prospectivo. Se invito a participar a 92 pobladores del comité Santa Rosa de Lima, del distrito de Samegua en la ciudad de Moquegua, obteniendo una tasa de respuesta del 86.95% (80/92). De la población participante 44 varones y 36 mujeres. Los patrones queiloscopicos de mayor predominancia en la población participante fue tipo I, II y IV con 30%, 23.75% y 33.75% respectivamente. Las conclusiones de este estudio nos muestran la existencia de diferentes categorías queiloscópicas entre los sexos de la población participante y que la diferencia de la prevalencia de las categorías queiloscópicas, pone en evidencia que es algo singular por sexo y etnias, demostrado en distintos resultados en estudios similares.Tesi

“PACIENTES EMBARAZADAS CON VIH Y LAS ACCIONES PARA DISMINUIR EL RIESGO DE TRANSMISIÓN VERTICAL EN EL SERVICIO DE GINECOLOGÍA Y OBSTETRICIA DEL HOSPITAL GENERAL TOLUCA DR. NICOLÁS SAN JUAN DE ENERO DEL 2009 A SEPTIEMBRE DEL 2012”

Obtener y analizar la información de pacientes embarazadas con VIH en relación a las acciones que llevan como meta disminuir el riesgo de transmisión vertical y sus resultados en el servicio de ginecología y obstetricia del Hospital General Toluca Dr. Nicolás San Juan de enero del 2009 a septiembre del 2012

Bases para el desarrollo de un método de adaptación de un modelo hidrológico a diversos horizontes de pronóstico: Aplicación a las cuencas de los ríos San Antonio (Córdoba) y Gualeguay (Entre Ríos)

Práctica Supervisada (IC)--FCEFN-UNC, 2016Elabora la performance de un modelo hidrológico para adaptarse a diversos horizontes de pronóstico, durante la operación de una cuenca monitoread